晋江长江医院下设妇科、男科、内科、外科、中医科、耳鼻咽喉科、前列腺专科、肛肠科、急诊科等临床科室及检验中心、彩超室、心电图室、放射科等科室。

设备先进、配套齐全、拥有多普勒彩色超声诊断仪、全电脑麻醉机、心电监护仪、性激素全套检测系统、全自动尿液分析仪、尿动力学分析仪、全自动血球分析仪、自动化酶免分析仪、电脑恒温细菌培养仪、多媒体荧光检测系统、X光机等大型设备。引进了由国内外联合研发的智能型体外微电场治疗仪、一体化肛肠治疗仪、全电脑鼻咽喉内窥镜检查治疗仪、男性性功能康复仪、多普勒性功能检测仪、第二代前列腺腔道介入治疗仪、产后康复治疗仪、非介入体外短波治疗仪、微波治疗仪、数码电子阴道镜、激光治疗仪等先进的诊疗仪器设备。

目前医院拥有一支包陈国强、孙全洲、吴立伟、张金莲、王梅英、何景等多位高学历、高年资、临床经验丰富的医师队伍，长期从事临床、教学、科研工作，精通各种疾病的诊疗。与此同时，医院邀请京沪从业多年的资深专家定期前来交流、坐诊，丰富医院的专家资源，让老百姓在家门口就可以享受到京沪专家的亲诊服务。

在服务上，医院秉承“以病人为中心”的理念，为广大患者提供了舒适的就医环境，建立了以病人为中心的科学布局和便捷就医的合理流程，实现了全程导医服务绿色通道，全力营造出了舒适、温馨的绿色医疗环境，建立起了诚信、理解、尊重、和谐的服务体系，使一切工作围绕着患者的需要而展开。